Tuż przy drzwiach po prawej stronie najstarsza pamiątka – skromna, mała tablica nagrobkowa matki jakiegoś księdza Leona z r. 1545. Pod chórem epitafium z XVIII wieku biskupa Michała Piechowskiego (+ 1723).
Za konfesjonałem na tylnej ścianie prawej nawy bocznej nagrobek Jana i Anny Fredrów z połowy XVII wieku.
Na bocznej ścianie prawej nawy renesansowy pomnik z czerwonego marmuru biskupa Jana Dziaduskiego (+ 1559) z połowy XVI wieku.
Dalej wchodzimy do owalnej kaplicy Fredrów (patrz „Dzieje”) z barokowym ołtarzem z czarnego marmuru, mieszczącym w środku stary gotycki łaskami słynący wizerunek Ukrzyżowanego, a poniżej starodawną alabastrową Pietę. Na ścianach dwa epitafia z XVIII wieku fundatora biskupa Al. Fredry, którego ciało spoczywa w podziemiach kaplicy. W kopule fresk Stanisława Stroińskiego.
Na przedniej ścianie nawy bocznej renesansowy ołtarz z czarnego marmuru fundacji Siecińskich z początku XVII wieku z nowszą figurą św. Stanisława biskupa.
W następnym ołtarzu alabastrowa cudowna figura Matki Boskiej zwanej „Jackową”, koronowana w 1776 roku, przeniesiona do katedry w 1786 roku po kasacie klasztoru oo. Dominikanów.
U góry na belce pod tęczą gotycki wizerunek Ukrzyżowanego.
W prezbiterium w oparciach górnych stall płaskorzeźby Pana Jezusa, Najświętszej Maryi Panny i Apostołów, dłuta profesora Bełtowskiego.
W Wielkim Ołtarzu grupa Złożenia Chrystusa do grobu, dłuta S. Langmana z Krakowa.
Z prezbiterium wiedzie piękny kamienny portal do starej, gotyckiej zakrystii, złożonej z dwóch sal. W pierwszej Sali zabytkowe cynowe lavacrum z 1694 roku.
Obok zakrystii kaplica Najświętszego Sakramentu (dawniej Drohojowskich) z freskami Stanisława Stroińskiego z początku XVIII wieku. W ołtarzu piękne XVII – wieczne srebrne cyborium (tabernakulum) i starodawny obraz Matki Boskiej Częstochowskiej, zwany „Matką Boską Mansjonarską”, bo mieścił się w ołtarzu bractwa Mansjonarzy. Wejście do kaplicy otacza piękny renesansowy portal z czarnego marmuru, obudowany poniżej barokową oprawą z drzewa.
Pod chórem marmurowa chrzcielnica z 1692 roku.
Za chrzcielnicą na tylnej ścianie ołtarz kamienny nowszy, z początku XX wieku, pomyślany jako odpowiednik przeciwległego pomnika Fredrów. Stanowi on oprawę jedynego zachowanego fresku z pierwszej gotyckiej katedry, przedstawiającego św. Jana Chrzciciela.
Pod chórem obok wejścia okazałe epitafium kanonika Wojciecha Włodka z 1726 roku.
Na ścianach Bazyliki i na filarach liczne tablice pamiątkowe Biskupów i Kanoników, szczególnie zasłużonych dla Macierzy kościołów diecezji.